Il 25 marzo 1569, visita dell’angelo a Maria, ottenuta l’approvazione del pontefice Pio V il vescovo di Assisi Filippo Geri murò la prima pietra di una chiesa gigantesca al centro della valle spoletana, per conservare al proprio interno, quasi fosse una reliquia preziosa, la minuscola chiesa di Santa Maria degli Angeli: “instar sacrae Lauretanae domus”, secondo il modello della Santa Casa di Loreto. Il grandioso progetto fu affidato a Galeazzo Alessi, fu anzi l’opera finale del grande architetto perugino, tornato in patria dopo una lunga e gloriosa attività svolta tra Genova e Milano. Il disegno di Alessi seguiva dappresso la chiusura del Concilio di Trento avvenuta nel 1563, con tutte le novità introdotte nella liturgia e negli spazi interni delle chiese, e prevedeva un edificio in forma di croce latina, con una cupola colossale, un coro profondo e tre navate con cinque cappelle per lato. I lavori ebbero inizio dalla parte della navata. Come furono ultimate le cappelle si cercarono possibile mecenati – gli odierni sponsor – nelle città e nei castelli del circondario: naturalmente Assisi e poi Perugia, Foligno, Cannara, Tordandrea. L’intenzione era di dedicare le prime cappelle ai quattro principali misteri mariani: la Maternità divina, la Perpetua Verginità, l’Immacolata Concezione e l’Assunzione gloriosa al Cielo. Si cominciò con la cappella dell’Annunciazione nella navata verso oriente, come ricorda una antica cronaca del convento: “Questa Capella fu comprata, ed ornata da certa Signora Laura Coli maritata, come si dice, nelli Signor Muti d’Assisi, quale l’ornò, e la dotò, come si legge nella copia esistente da un lato della detta Capella l’anno 1592. Il suo quadro della Santissima Nunziata è di Federico Barocci”. Laura Pontani Coli era una nobildonna perugina che aveva acquistato il patronato di questa cappella sin dall’ottobre 1591. Il quadro dell’Annunciazione fu richiesto a Federico Barocci da Urbino, pittore marchigiano allora assai celebre ma difficile da raggiungere, per una malattia contratta in gioventù a Roma: correva voce che i colleghi lo avessero avvelenato per invidia. Negli anni 1582-1584 Barocci aveva dipinto per la cappella dei duchi di Urbino nella Santa Casa di Loreto un quadro con l’Annunciazione e a lungo si è creduto il quadro di Assisi di un suo imitatore, fin quando si ritrovò negli archivi perugini un documento del 22 luglio 1596 con l’attivazione di un censo sopra un terreno che apparteneva a Laura Pontani Coli, “pro solvenda tabula Annunciate facta per Federicum Baroccium pictorem famosissimum”: per pagare il quadro con l’Annunciazione dipinto dal famoso – anzi di più: famosissimo – Federico Barocci. Le pareti della cappella di Urbino erano state decorate a buon fresco da un pittore marchigiano non meno celebre di Barocci: Federico Zuccari da Sant’Angelo in Vado. Anche per affrescare la cappella dell’Annunziata a Santa Maria degli Angeli si cercò un pittore marchigiano, e fu trovato in Giovanni Battista Lombardelli, originario di Montenuovo nell’anconetano ma da tempo trasferitosi a Perugia, dove aveva eseguito una miriade di lavori circondandosi di numerosi collaboratori. Il 16 maggio 1592 Lombardelli firmò un contratto con Laura Pontani Coli, ma purtroppo la morte lo colse appena due mesi più tardi, il 23 luglio 1592. Fece però in tempo a eseguire i disegni preparatori per l’intera decorazione, e forse anche dipinse le prime storie, poi ultimate dalla sua nutrita bottega. La cappella nella Santa Casa ritrae episodi della vita della Vergine, mentre a Santa Maria degli Angeli si scelsero storie legate al luogo e al santo locale. La volta fu decorata con miracoli di san Francesco. Le pareti laterali con due grandi quadri: a sinistra l’ingresso della processione del Sacro Velo alla Porziuncola, a destra san Francesco che riceve in dono il monte della Verna dal conte Orlando di Chiusi. Nel 1414 la reliquia del Velo della Madonna era stata donata ai frati di Assisi dal conte Tommaso Orsini di Manoppello, e ogni anno, per la ricorrenza dell’Annunciazione, lo si portava in processione alla Porziuncola per esporlo alla devozione di una gran folla che accorreva dai villaggi circostanti. Quando fu eseguito il dipinto, non era stata ancora completata la costruzione della cupola, e fu così che i pittori la dipinsero con la fabbrica che arrivava all’altezza dei tetti, come ha scoperto un recente restauro. La cupola che si vede oggi fu aggiunta da Antonio Castelletti da Paciano restaurando questi affreschi dopo il terremoto del 1832.