In seguito all’allontanamento di frate Elia da Assisi nel 1239, non si hanno più notizie di lavori all’interno di San Francesco. Si ha invece notizia di lavori all’esterno dell’edificio e nell’ottobre 1246 il podestà Raniero da Castel San Pietro di Bologna, alla presenza dei tre capitani “della guerra e delle porte” e dei quattro rettori della città, definì i confini della piazza antistante la chiesa, che fu ceduta in uso e proprietà ai religiosi, salvo eventuali diritti vantati da privati. Nel frattempo, il 22 agosto 1241 Gregorio IX era morto in una Roma assediata dalle truppe imperiali. Gli otto cardinali superstiti non riuscirono a trovare un accordo per essere divisi tra guelfi e ghibellini, salvo la meteora di Celestino IV rimasto in carica per soli 14 giorni, e si dovette pazientare un biennio di sede vacante per vedere eletto il genovese Sinibaldo Fieschi, ad Anagni il 25 giugno 1243. Seguirono alcuni infruttuosi tentativi di riconciliazione tra impero e papato. Nel 1244 Innocenzo IV e Federico II avrebbero dovuto incontrarsi a Narni, ma il papa lasciò Roma fuggendo per mare e raggiunse Lione ai confini del regno di Francia, dove si trattenne sino alla notizia della morte di Federico II, avvenuta a Castelfiorentino in Puglia nel dicembre 1250
Passata la Pasqua 1251 Innocenzo IV lasciò Lione alla volta dell’Italia. Nel mese di novembre era a Perugia, dove si trattenne per oltre un anno. Il 13 febbraio 1252 elargì indulgenze in favore di quanti si fossero recati ad Assisi per la festa di san Francesco, ma non raggiunse la città prima della primavera 1253. Dal 27 aprile prese alloggio nel palazzo papale accanto alla chiesa di San Francesco, dove continuò a risiedere fino al 6 ottobre successivo. Il 15 maggio consacrò la chiesa e gli altari. L’8 settembre canonizzò Stanislao vescovo di Cracovia in una navata superiore illuminata da lampade pendenti dalla volta. In questi mesi consacrò ad Assisi la cattedrale di San Rufino e la chiesa abbaziale di San Pietro.
Non sappiamo per quale ragione Innocenzo IV abbia indugiato due anni a Perugia prima di spostarsi ad Assisi. Forse la precipitosa fuga di frate Elia aveva impedito di realizzare gli arredi necessari per un corretto uso liturgico dell’edificio, soprattutto se era presente in città il pontefice. Forse non era stato ancora costruito il trono papale al centro della tribuna superiore, i cui capitelli fogliacei sono ben diversi rispetto ai capitelli a croquet dell’architettura. O forse non era stato ancora completato il pontile in opus romanum che divideva la pars plebana dalla pars presbiterialis nella chiesa inferiore, dall’alto del quale predicò il cardinale Rinaldo da Ostia nel corso di una cerimonia che vide il miracolo di una pietra mal fissata caduta dal pontile in testa a una donna, lasciandola per morta e invece era viva.
Forse, ma forse, ma sì, benché Innocenzo IV non avesse una ragione particolare che lo legava alla persona di san Francesco, si deve a questo pontefice un provvedimento importante in favore della chiesa che ne ospitava le spoglie. Il 10 luglio 1253 Innocenzo autorizzò il procuratore del convento fra Filippo da Campello di poter spendere le elemosine lasciate dai pellegrini sopra gli altari, per completarne la struttura e decorarla con opere insigni. I lavori intrapresi dovevano essere autorizzati da un legato papale, ma nondimeno i frati poterono disporre di una entrata costante per almeno un quarto di secolo, che consentì loro di dar corso a una prima decorazione della chiesa. In quei tempi la figura del cardinale protettore s’identificò nella persona del cardinale ostiense Rinaldo di Jenne, che alla morte d’Innocenzo, avvenuta a Napoli nel dicembre 1254, fu a sua volta eletto pontefice prendendo il nome di Alessandro IV, senza voler lasciare ad altri la carica di legato per l’Ordine dei frati Minori: forse perché aveva cari i ricordi della persona di san Francesco, forse per la diceria che voleva pontefice chi fosse stato in precedenza patrono dell’Ordine. Non volle nominare nessuno al proprio posto, ma grazie ai soldi delle elemosine rese disponibili dal suo predecessore, come legato di se stesso seguì personalmente la decorazione della chiesa. Fu allora che furono realizzati gli affreschi alle pareti della “via santa” che portava alla tomba di Francesco nella chiesa inferiore e le vetrate figurate della chiesa papale superiore.
